Antes de mais nada, vale deixar claro que você não é obrigado a fazer aeróbicos antes ou depois do treino e isto não traz nenhum benefício adicional, principalmente se você valoriza sua massa muscular. Seria muito melhor, independente do seu objetivo, fazer aeróbicos em horários afastados ou em dias intervalados com o treino.
Fazer aeróbicos antes do treino, pode consumir a sua preciosa reserva de energia que seria usada durante o treino fazendo com que você limite a intensidade e até força. Sem contar que o aeróbico em si, é uma atividade que requer certo esforço do corpo inteiro. E quanto a fazer após o treino, alguns estudos indicam que fazer aeróbicos neste período pode afetar a síntese proteica, devido a demanda de energia gerada pelos aeróbicos. Em outras palavras, pode atrapalhar o ganho e recuperação muscular.
Independente de qual horário seja pior, o ideal seria fazê-los em um horário afastado ou em um dia que você não treina. Pois desta forma, você correrá menos riscos de perder massa muscular ou afetar sua performance no treino. Lembrando também que o aeróbico não é o fator determinante na perda de gordura, portanto você não precisa criar uma tempestade em copo d’agua por causa dele.